LAMMPS WWW Site - LAMMPS Documentation - LAMMPS Mailing List Archives
[lammps-users] molecule distorted after minimize
[Date Prev][Date Next][Thread Prev][Thread Next][Date Index][Thread Index]

[lammps-users] molecule distorted after minimize


From: "??????" <zmzeng12@...4685...>
Date: Thu, 26 Apr 2018 22:48:53 +0800

Hi, lammps-users,

I need to put K+(H2O)6 and Ni2+(H2O)6 in a water box and do some dynamics.
The force field used is UFF, and I fit Ni and K parameter according to literature (Addicoat, M. A.; Vankova, N.; Akter, I. F.; Heine, T., Extension of the universal force field to metal?Corganic frameworks. Journal of chemical theory and computation 2014, 10 (2), 880-891.).

If put K+(H2O)6 or Ni2+(H2O)6 in a empty box and do minimize, then the structure maintains steady.
If put Ni2+(H2O)6 in a water box and do minimize, the structure maintains steady, too. 
But If put K+(H2O)6 in a water box and do minimize,  K+(H2O)6 turns distorted after minimization.
I don't know why, the only thing different here is the bond length of Ni-O(~2.0A) is much short than K-O(~2.7A).
please give me some advice.

trj before minimize(f1 ,f2) and after(f3 ,f4) (set dynamic bond in VMD):


The input script is list below:

#data.K+H2O6
Created on Thu Apr 26 21:52:18 2018

          19 atoms
          18 bonds
          33 angles

           3 atom types
           2 bond types
           3 angle types
           0.000000  20.000000 xlo xhi
           0.000000  20.000000 ylo yhi
           0.000000  20.000000 zlo zhi
           0.000000   0.000000   0.000000 xy xz yz

Masses

    1    39.098300000 # K_6+1
    2     1.007940000 # H_
    3    15.999400000 # O_3

Bond Coeffs

    1       39.742249        2.818422  # K_6+1 O_3
    2      559.995206        0.990254  # H_ O_3

Angle Coeffs

    1              cosine/periodic       10.476559               1               4 # O_3 K_6+1 O_3
    2                      fourier        6.015281        0.300235        0.267331        0.266745 # K_6+1 O_3 H_
    3                      fourier      122.883342        0.300235        0.267331        0.266745 # H_ O_3 H_

Pair Coeffs

    1        0.035000        3.396106 # K_6+1 K_6+1
    2        0.044000        2.571134 # H_ H_
    3        0.060000        3.118146 # O_3 O_3

Atoms

       1        1        1     0.00000   10.66680  -10.90100  -10.06280
       2        1        2     0.00000   12.25080   -9.95660   -7.26040
       3        1        3     0.00000   11.32120  -10.21140   -7.39940
       4        1        2     0.00000   10.82040   -9.47120   -7.01240
       5        1        2     0.00000   10.74100   -7.52760  -10.14180
       6        1        3     0.00000   10.89560   -8.19740  -10.83160
       7        1        2     0.00000   11.73840   -7.92300  -11.23500
       8        1        2     0.00000   13.69780  -11.25560  -11.52400
       9        1        3     0.00000   13.39480  -11.30020  -10.59960
      10        1        2     0.00000   13.80500  -12.11540  -10.26000
      11        1        2     0.00000   10.36860  -12.41140  -13.06920
      12        1        3     0.00000    9.99360  -11.58360  -12.71900
      13        1        2     0.00000    9.04180  -11.66360  -12.90860
      14        1        2     0.00000    9.63980  -13.91240   -8.91680
      15        1        3     0.00000   10.47560  -13.61740   -9.32040
      16        1        2     0.00000   10.63740  -14.27320  -10.02180
      17        1        2     0.00000    7.48640   -9.76280   -9.87220
      18        1        3     0.00000    7.94520  -10.53160   -9.48880
      19        1        2     0.00000    7.64760  -10.54160   -8.56180

Bonds

       1        1        1        3
       2        1        1        6
       3        1        1        9
       4        1        1       12
       5        1        1       15
       6        1        1       18
       7        2        2        3
       8        2        3        4
       9        2        5        6
      10        2        6        7
      11        2        8        9
      12        2        9       10
      13        2       11       12
      14        2       12       13
      15        2       14       15
      16        2       15       16
      17        2       17       18
      18        2       18       19

Angles

       1        1        3        1       15
       2        1        6        1        9
       3        1       18        1        3
       4        1       18        1       12
       5        1        9        1       15
       6        1       18        1       15
       7        1       18        1        9
       8        1       12        1       15
       9        1       18        1        6
      10        1        3        1        6
      11        1        6        1       12
      12        1        3        1       12
      13        1        3        1        9
      14        1        6        1       15
      15        1        9        1       12
      16        2        1        3        2
      17        3        2        3        4
      18        2        1        3        4
      19        2        1        6        5
      20        3        5        6        7
      21        2        1        6        7
      22        2        8        9        1
      23        2        1        9       10
      24        3        8        9       10
      25        2        1       12       13
      26        2        1       12       11
      27        3       11       12       13
      28        2       16       15        1
      29        3       16       15       14
      30        2        1       15       14
      31        2        1       18       19
      32        2        1       18       17
      33        3       19       18       17

#in.K+H2O6
log             log.K+H2O6 append
units           real
atom_style      full
boundary        p p p

pair_style      lj/cut/coul/long 10.000
bond_style      harmonic
angle_style     hybrid fourier cosine/periodic
kspace_style    ewald 0.000001

dielectric      1.0
pair_modify     tail yes mix arithmetic
special_bonds   lj/coul 0.0 0.0 1.0
box tilt        large
read_data       data.K+H2O6  extra/atom/types 2 extra/bond/types 1 extra/angle/types 1

## insert H2O ##
molecule h2o H2O.txt offset 3 2 3 0 0
create_atoms 0 random 200 1 NULL mol h2o 1
mass 4 15.9994 # O
mass 5 1.008 # H
pair_coeff 4 4 0.060000        3.118146
pair_coeff 5 5 0.044000        2.571134
bond_coeff 3 559.995206        0.990254
angle_coeff 4 fourier 122.883342        0.300235        0.267331        0.266745
## insert H2O ##

#### Atom Groupings ####
group           K        id   1:19
#### END Atom Groupings ####

#### QEQ ####
set type 1 charge 1
fix qeqK K qeq/dynamic 1 10 1.0e-3 200 param.qeq1
run 0
unfix qeqK
#### QEQ ####

dump trjmini all xyz 10 mini.xyz
dump_modify trjmini element K H O O H
minimize 1.0e-8 1.0e-8 10000 10000
write_data data.aftermini
undump trjmini

#in.Ni2+H2O6
log             log.Ni2+H2O6 append
units           real
atom_style      full
boundary        p p p

pair_style      lj/cut/coul/long 10.000
bond_style      harmonic
angle_style     hybrid cosine/periodic fourier
kspace_style    ewald 0.000001

special_bonds   lj/coul 0.0 0.0 1.0
dielectric      1.0
pair_modify     tail yes mix arithmetic
box tilt        large
read_data       data.Ni2+H2O6  extra/atom/types 2 extra/bond/types 1 extra/angle/types 1

## insert H2O ##
molecule h2o H2O.txt offset 3 2 3 0 0
create_atoms 0 random 200 1 NULL mol h2o 1
mass 4 15.9994 # O
mass 5 1.008 # H
pair_coeff 4 4 0.060000        3.118146
pair_coeff 5 5 0.044000        2.571134
bond_coeff 3 559.995206        0.990254
angle_coeff 4 fourier 122.883342        0.300235        0.267331        0.266745
## insert H2O ##

#### Atom Groupings ####
group           Ni        id   1:19
#### END Atom Groupings ####

#### QEQ ####
set type 1 charge 2
fix qeqNi Ni qeq/dynamic 1 10 1.0e-3 200 param.qeq2
run 0
unfix qeqNi
#### QEQ ####

dump trjmini all xyz 10 mini.xyz
dump_modify trjmini element K H O O H
minimize 1.0e-8 1.0e-8 10000 10000
write_data data.aftermini
undump trjmini

#data.Ni2+H2O6
Created on Thu Apr 26 21:29:29 2018

          19 atoms
          18 bonds
          33 angles

           3 atom types
           2 bond types
           3 angle types
           0.000000  20.000000 xlo xhi
           0.000000  20.000000 ylo yhi
           0.000000  20.000000 zlo zhi
           0.000000   0.000000   0.000000 xy xz yz

Masses

    1    58.693400000 # Ni6+2
    2     1.007940000 # H_
    3    15.999400000 # O_3

Bond Coeffs

    1      165.282024        2.239280  # Ni6+2 O_3
    2      559.995206        0.990254  # H_ O_3

Angle Coeffs

    1              cosine/periodic       33.090760               1               4 # O_3 Ni6+2 O_3
    2                      fourier       30.853750        0.300235        0.267331        0.266745 # Ni6+2 O_3 H_
    3                      fourier      122.883342        0.300235        0.267331        0.266745 # H_ O_3 H_

Pair Coeffs

    1        0.015000        2.524807 # Ni6+2 Ni6+2
    2        0.044000        2.571134 # H_ H_
    3        0.060000        3.118146 # O_3 O_3

Atoms

       1        1        1     0.00000   10.66000  -10.90380  -10.06580
       2        1        2     0.00000   11.99020  -10.38620   -7.90340
       3        1        3     0.00000   11.04120  -10.55960   -8.06080
       4        1        2     0.00000   10.57080   -9.80720   -7.65240
       5        1        2     0.00000   11.45240   -8.37340  -10.14300
       6        1        3     0.00000   10.73120   -8.88980  -10.55100
       7        1        2     0.00000   10.82920   -8.75300  -11.51380
       8        1        2     0.00000   13.10860  -10.72340  -11.06260
       9        1        3     0.00000   12.70460  -11.15420  -10.28520
      10        1        2     0.00000   12.94820  -12.09780  -10.35720
      11        1        2     0.00000   10.76800  -11.99440  -12.47840
      12        1        3     0.00000   10.27780  -11.25540  -12.07040
      13        1        2     0.00000    9.33380  -11.45520  -12.22680
      14        1        2     0.00000   10.50100  -13.04340   -8.61060
      15        1        3     0.00000   10.58580  -12.91640   -9.57620
      16        1        2     0.00000    9.85260  -13.42840   -9.96780
      17        1        2     0.00000    8.37680   -9.70620   -9.79500
      18        1        3     0.00000    8.61620  -10.65260   -9.84020
      19        1        2     0.00000    8.21940  -11.05620   -9.04480

Bonds

       1        1        1        3
       2        1        1        6
       3        1        1        9
       4        1        1       12
       5        1        1       15
       6        1        1       18
       7        2        2        3
       8        2        3        4
       9        2        5        6
      10        2        6        7
      11        2        8        9
      12        2        9       10
      13        2       11       12
      14        2       12       13
      15        2       14       15
      16        2       15       16
      17        2       17       18
      18        2       18       19

Angles

       1        1        3        1       15
       2        1        6        1        9
       3        1       18        1        3
       4        1       18        1       12
       5        1        9        1       15
       6        1       18        1       15
       7        1       18        1        9
       8        1       12        1       15
       9        1       18        1        6
      10        1        3        1        6
      11        1        6        1       12
      12        1        3        1       12
      13        1        3        1        9
      14        1        6        1       15
      15        1        9        1       12
      16        2        1        3        2
      17        3        2        3        4
      18        2        1        3        4
      19        2        1        6        5
      20        3        5        6        7
      21        2        1        6        7
      22        2        8        9        1
      23        2        1        9       10
      24        3        8        9       10
      25        2        1       12       13
      26        2        1       12       11
      27        3       11       12       13
      28        2       16       15        1
      29        3       16       15       14
      30        2        1       15       14
      31        2        1       18       19
      32        2        1       18       17
      33        3       19       18       17


------------------

Zhongming Zeng??????????

WenBin, Lin  & Cheng, Wang Group

College of Chemistry and Chemical Engineering

Xiamen University

422 South Siming Road

Xiamen, Fujian, Post code.: 361005

P.R. China

 

Attachment: data.K+H2O6
Description: Binary data

Attachment: data.Ni2+H2O6
Description: Binary data

Attachment: H2O.txt
Description: Binary data

Attachment: in.K+H2O6
Description: Binary data

Attachment: in.Ni2+H2O6
Description: Binary data

Attachment: log.K+H2O6
Description: Binary data

Attachment: log.Ni2+H2O6
Description: Binary data

Attachment: param.qeq1
Description: Binary data

Attachment: param.qeq2
Description: Binary data