LAMMPS WWW Site - LAMMPS Documentation - LAMMPS Mailing List Archives
[lammps-users] Can lammps simulate five types of atoms ?
[Date Prev][Date Next][Thread Prev][Thread Next][Date Index][Thread Index]

[lammps-users] Can lammps simulate five types of atoms ?


From: 王淑婷 <wangshuting@...6572...>
Date: Mon, 19 Jun 2017 15:20:07 +0800 (GMT+08:00)

Dear lammps-users,

My input script indicates the error: Invalid basis setting in create_atoms command. Here are my input script and log file blew. If the number '5' is changed into '1', the error wouldn't appear. So I am confused that whether the lammps can only simulate less than five types of atoms. Can anyone know something about it? Thank you for the help in advance.

Yours sincerely.
Shuting Wang

INPUT SCRIPT:
#----------Initialization
units      metal
boundary   p p p
dimension  3
atom_style atomic

variable   L_1      equal 400/4.35
variable   L_3      equal 1
variable   L_4      equal ${L_1}-1
variable   W_1      equal 30/(4.35*0.57725)
variable   H_0      equal 53/(5*4.35)
variable   H_1      equal 40/(5*4.35)
variable   H_2      equal 30/(5*4.35)

variable   HOT_R   equal round(${L_1}*0.125)
variable   HOT_L   equal ${HOT_R}-1
variable   COLD_L  equal round(${L_1}*0.875)
variable   COLD_R  equal ${COLD_L}+0.67

variable   L_2      equal 400/5.12
variable   W_2      equal 30/5.12
variable   H_3      equal 32/5.12
variable   H_4      equal 20/5.12

variable   H_5      equal 37.5/3.9239
variable   W_3      equal 15/3.9239
variable   L_5      equal 25/3.9239
variable   L_6      equal 375/3.9239
variable   R_1      equal 4/3.9239

#----------Atom Defination
#-----BN 2d plane
lattice     custom  4.35  &
            a1      1         0.0      0.0  &
            a2      0.0       0.57735  0.0  &
            a3      0.0       0.0      5    &
            basis   0.166667  0.25     0.5  &
            basis   0.333333  0.75     0.5  &
            basis   0.666667  0.75     0.5  &
            basis   0.833333  0.25     0.5  

region        total    block 0 ${L_1} 0 ${W_1} 0.0    ${H_0}
region        BN       block 0 ${L_1} 0 ${W_1} ${H_2} ${H_1}
create_box    4 total 
create_atoms  2 region BN  &
               basis 1 3 &
               basis 2 4 &
               basis 3 3 &
               basis 4 4

#---identify left/right  hot/cold region
region        hot      block  ${HOT_L}  ${HOT_R}  0 ${W_1} 0 ${H_0}
region        cold     block  ${COLD_L} ${COLD_R} 0 ${W_1} 0 ${H_0}

#-----Al2O3 
lattice       custom  2.56  &
              a1      2      0.0        0.0    &
              a2      0.0    2          0.0    &
              a3      0.0    0.0        2      &
              basis   0.204  0.3555     0.204  &
              basis   0.454  0.6055     0.454  &
              basis   0.099  0.2505     0.099  &
              basis   0.349  0.5005     0.349  &
              basis   0.1515 0.4545     0.0    &
              basis   0.303  0.1515     0.1515 &
              basis   0.0    0.303      0.303  &
              basis   0.25   0.7045     0.4015 &
              basis   0.4015 0.4015     0.553  &
              basis   0.553  0.553      0.25   

region        AlO  block  0.0  ${L_2}  0.0  ${W_2}  ${H_4}  ${H_3}
create_atoms  2 region AlO  &
              basis  1  2  &
              basis  2  2  &
              basis  3  2  &
              basis  4  2  &
              basis  5  1  &
              basis  6  1  &
              basis  7  1  &
              basis  8  1  &
              basis  9  1  &
              basis  10 1  

#-----Pt 
lattice      custom 1.96195 &
             a1     2     0.0    0.0  &
             a2     0.0   2      0.0  &
             a3     0.0   0.0    2    &
             basis  0.0   0.0    0.0  &
             basis  0.0   0.0    0.5  &
             basis  0.0   0.5    0.0  &
             basis  0.0   0.5    0.5  &
             basis  0.5   0.0    0.0  &
             basis  0.5   0.0    0.5  &
             basis  0.5   0.5    0.0  &
             basis  0.5   0.5    0.5  &
             basis  0     0.25   0.25 &
             basis  0.5   0.25   0.25 &
             basis  0.25  0.0    0.25 &
             basis  0.25  0.5    0.25 &
             basis  0.25  0.25   0.0  &
             basis  0.25  0.25   0.5

region       Pthot sphere ${W_3} ${L_5} ${H_5} ${R_1}
create_atoms 1 region Pthot &
             basis 1  5  &
             basis 2  5  &
             basis 3  5  &
             basis 4  5  &
             basis 5  5  &
             basis 6  5  &
             basis 7  5  &  
             basis 8  5  &
             basis 9  5  &
             basis 10 5  &
             basis 11 5  &
             basis 12 5  &
             basis 13 5  &
             basis 14 5

region       Ptcold sphere ${W_3} ${L_6} ${H_5} ${R_1}
create_atoms 1 region Ptcold &
             basis 1  5  &
             basis 2  5  &
             basis 3  5  &
             basis 4  5  &
             basis 5  5  &
             basis 6  5  &
             basis 7  5  &
             basis 8  5  &
             basis 9  5  &
             basis 10 5  &
             basis 11 5  &
             basis 12 5  &
             basis 13 5  &
             basis 14 5  

mass          1  15.9994
mass          2  26.9815386
mass          3  10.811
mass          4  14.0067
mass          5  195.1
############################
LOG FILE:
#----------Initialization
units      metal
boundary   p p p
dimension  3
atom_style atomic

variable   L_1      equal 400/4.35
variable   L_3      equal 1
variable   L_4      equal ${L_1}-1
variable   L_4      equal 91.9540229885058-1
variable   W_1      equal 30/(4.35*0.57725)
variable   H_0      equal 53/(5*4.35)
variable   H_1      equal 40/(5*4.35)
variable   H_2      equal 30/(5*4.35)

variable   HOT_R   equal round(${L_1}*0.125)
variable   HOT_R   equal round(91.9540229885058*0.125)
variable   HOT_L   equal ${HOT_R}-1
variable   HOT_L   equal 11-1
variable   COLD_L  equal round(${L_1}*0.875)
variable   COLD_L  equal round(91.9540229885058*0.875)
variable   COLD_R  equal ${COLD_L}+0.67
variable   COLD_R  equal 80+0.67

variable   L_2      equal 400/5.12
variable   W_2      equal 30/5.12
variable   H_3      equal 32/5.12
variable   H_4      equal 20/5.12

variable   H_5      equal 37.5/3.9239
variable   W_3      equal 15/3.9239
variable   L_5      equal 25/3.9239
variable   L_6      equal 375/3.9239
variable   R_1      equal 4/3.9239

#----------Atom Defination
#-----BN 2d plane
lattice     custom  4.35              a1      1         0.0      0.0              a2      0.0       0.57735  0.0              a3      0.0       0.0      5                basis   0.166667  0.25     0.5              basis   0.333333  0.75     0.5              basis   0.666667  0.75     0.5              basis   0.833333  0.25     0.5
Lattice spacing in x,y,z = 4.35 2.51147 21.75

region        total    block 0 ${L_1} 0 ${W_1} 0.0    ${H_0}
region        total    block 0 91.9540229885058 0 ${W_1} 0.0    ${H_0}
region        total    block 0 91.9540229885058 0 11.9472528785412 0.0    ${H_0}
region        total    block 0 91.9540229885058 0 11.9472528785412 0.0    2.4367816091954
region        BN       block 0 ${L_1} 0 ${W_1} ${H_2} ${H_1}
region        BN       block 0 91.9540229885058 0 ${W_1} ${H_2} ${H_1}
region        BN       block 0 91.9540229885058 0 11.9472528785412 ${H_2} ${H_1}
region        BN       block 0 91.9540229885058 0 11.9472528785412 1.37931034482759 ${H_1}
region        BN       block 0 91.9540229885058 0 11.9472528785412 1.37931034482759 1.83908045977011
create_box    4 total
Created orthogonal box = (0 0 0) to (400 30.0052 53)
  14 by 2 by 2 MPI processor grid
create_atoms  2 region BN                 basis 1 3                basis 2 4                basis 3 3                basis 4 4
Created 4416 atoms

#---identify left/right  hot/cold region
region        hot      block  ${HOT_L}  ${HOT_R}  0 ${W_1} 0 ${H_0}
region        hot      block  10  ${HOT_R}  0 ${W_1} 0 ${H_0}
region        hot      block  10  11  0 ${W_1} 0 ${H_0}
region        hot      block  10  11  0 11.9472528785412 0 ${H_0}
region        hot      block  10  11  0 11.9472528785412 0 2.4367816091954
region        cold     block  ${COLD_L} ${COLD_R} 0 ${W_1} 0 ${H_0}
region        cold     block  80 ${COLD_R} 0 ${W_1} 0 ${H_0}
region        cold     block  80 80.67 0 ${W_1} 0 ${H_0}
region        cold     block  80 80.67 0 11.9472528785412 0 ${H_0}
region        cold     block  80 80.67 0 11.9472528785412 0 2.4367816091954

#-----Al2O3
lattice       custom  2.56                a1      2      0.0        0.0                  a2      0.0    2          0.0                  a3      0.0    0.0        2                    basis   0.204  0.3555     0.204                basis   0.454  0.6055     0.454                basis   0.099  0.2505     0.099                basis   0.349  0.5005     0.349                basis   0.1515 0.4545     0.0                  basis   0.303  0.1515     0.1515               basis   0.0    0.303      0.303                basis   0.25   0.7045     0.4015               basis   0.4015 0.4015     0.553                basis   0.553  0.553      0.25
Lattice spacing in x,y,z = 5.12 5.12 5.12

region        AlO  block  0.0  ${L_2}  0.0  ${W_2}  ${H_4}  ${H_3}
region        AlO  block  0.0  78.125  0.0  ${W_2}  ${H_4}  ${H_3}
region        AlO  block  0.0  78.125  0.0  5.859375  ${H_4}  ${H_3}
region        AlO  block  0.0  78.125  0.0  5.859375  3.90625  ${H_3}
region        AlO  block  0.0  78.125  0.0  5.859375  3.90625  6.25
create_atoms  2 region AlO                basis  1  2                basis  2  2                basis  3  2                basis  4  2                basis  5  1                basis  6  1                basis  7  1                basis  8  1                basis  9  1                basis  10 1
Created 11730 atoms

#-----Pt
lattice      custom 1.96195              a1     2     0.0    0.0               a2     0.0   2      0.0               a3     0.0   0.0    2                 basis  0.0   0.0    0.0               basis  0.0   0.0    0.5               basis  0.0   0.5    0.0               basis  0.0   0.5    0.5               basis  0.5   0.0    0.0               basis  0.5   0.0    0.5               basis  0.5   0.5    0.0               basis  0.5   0.5    0.5               basis  0     0.25   0.25              basis  0.5   0.25   0.25              basis  0.25  0.0    0.25              basis  0.25  0.5    0.25              basis  0.25  0.25   0.0               basis  0.25  0.25   0.5
Lattice spacing in x,y,z = 3.9239 3.9239 3.9239

region       Pthot sphere ${W_3} ${L_5} ${H_5} ${R_1}
region       Pthot sphere 3.8227273885675 ${L_5} ${H_5} ${R_1}
region       Pthot sphere 3.8227273885675 6.37121231427916 ${H_5} ${R_1}
region       Pthot sphere 3.8227273885675 6.37121231427916 9.55681847141874 ${R_1}
region       Pthot sphere 3.8227273885675 6.37121231427916 9.55681847141874 1.01939397028467
create_atoms 1 region Pthot              basis 1  5               basis 2  5               basis 3  5               basis 4  5               basis 5  5               basis 6  5               basis 7  5               basis 8  5               basis 9  5               basis 10 5               basis 11 5               basis 12 5               basis 13 5               basis 14 5
ERROR: Invalid basis setting in create_atoms command (../create_atoms.cpp:124)